Уже 2 дня борюсь с 7161. Теперь вот такая проблема. После запуска он по умолачнию ставит авторежим и подачу с нижнего лотка. Как сделать так чтоб авто при запуске не горело а подача была с верхнего лотка?

Никак. Не предусмотрено, и правильно это. Нормально намтроенный и чистый копир нормально работает в АЕ, при работе с ручной подачи в копир попадает больше пыли, что не есть полезно...