при подаче бумаги с правого лотка (ручная подача) копия получается полной, при подаче из нижнего лотка отпечатывается только половина оригинала, вторая половина листа остается чистой. в чем может быть причина?

Посмотри,где тормозится лист.

Скорее всего в кассете неправильно определен формат бумаги. Я проверил бы механизм установки формата бумаги в кассете. Аппарат пропечатает тот формат, который видит в лотке. А вот с ручной подачи определения размера оригинала нет - сканирование и печать осуществляется на мах формат - поэтому все пропечатывается.